O termo “Alcainça” deriva quiçá das palavras árabes “alçai” (que significa encontro) e “néca” (que significa mulheres), uma outra fonte indica que deriva do árabe al-kanisa, isto é, “igreja”.

A localidade de Alcainça é muito provavelmente anterior à fundação da nossa nacionalidade, são prova disso os vestígios romanos, visigóticos, árabes e medievais por aqui encontrados, sendo que no Cabeço dos Moinhos foram encontrados vestígios da ocupação humana na Idade do Bronze.

As primeiras referências documentais alusivas a Alcainça datam do ano de 1270 e 1527. Sendo que a última referência cita a “vintena de Alcainça, com os seus casais”, que pertencia “ao termo de Sintra”, possuindo “um total de 48 vizinhos”.

Destaca-se a Igreja de S. Miguel sendo o mais antigo documento relativo à igreja datado de 1270. Nas décadas centrais do século XVII, o conjunto herdado da época medieval foi substancialmente alterado, dele restando, apenas e aparentemente, parte da capela de S. Silvestre. A derradeira campanha de obras ocorreu no século XIX.

A capela do Espírito Santo foi construída nos inícios do século XVI e tem a particularidade de possuir um dos mais importantes portais manuelinos do concelho, tipologicamente aparentado com o da capela homónima da Enxara do Bispo, mas de superior qualidade artística e maior alcance simbólico, uma vez que ilustra as três Idades do Homem e o advento do Espírito Santo.