Le terme “Alcainça” est peut-être dérivé des mots arabes “alçai” (qui signifie réunion) et “néca” (qui signifie femmes), tandis qu'une autre source indique qu'il dérive de l'arabe al-kanisa, qui signifie “église”.

La ville d'Alcainça est probablement antérieure à la fondation de notre nationalité, comme en témoignent les vestiges romains, wisigoths, arabes et médiévaux que l'on y trouve, et à Cabeço dos Moinhos, des traces d'occupation humaine datant de l'âge de bronze ont été trouvées.

Les premières références documentaires à Alcainça datent de 1270 et 1527. Cette dernière mentionne la “ville d'Alcainça, avec ses couples”, qui appartenait “au terme de Sintra” et comptait “un total de 48 voisins”.

L'église Saint-Michel se distingue, le plus ancien document relatif à l'église datant de 1270. Au milieu du XVIIe siècle, l'ensemble hérité de l'époque médiévale a été considérablement modifié, seule une partie de la chapelle de St Silvestre ayant apparemment subsisté. La dernière campagne de construction a eu lieu au 19e siècle.

La chapelle du Saint-Esprit a été construite au début du XVIe siècle et a la particularité de posséder l'un des plus importants portails manuélins de la commune, typologiquement similaire à la chapelle du même nom à Enxara do Bispo, mais d'une qualité artistique supérieure et d'une plus grande portée symbolique, puisqu'il illustre les trois âges de l'homme et l'avènement du Saint-Esprit.